Sous la bannière du « scepticisme scientifique », le Comité est reconnu comme le plus ancien groupement de personnes, universitaires ou autodidactes en science, appartenant à différentes disciplines philosophiques et scientifiques, animées d’un même désir de promouvoir la pensée critique et la rigueur scientifique.

De façon générale, le Comité a pour objet de dénoncer toute affirmation non prouvée contraire aux connaissances acquises et reconnues par l’ensemble de la communauté scientifique, quelle que soit la nature de cette affirmation : parascientifique, paranormale, religieuse – comme dans le cas du Créationnisme – ou toute autre. Cette démarche n’est accompagnée d’aucune prise de position spirituelle ou confessionnelle.

Fidèle à son histoire, le Comité garde la volonté de séparer le vrai du faux dans les phénomènes dits paranormaux et présentés au public à grand renfort de publicité, mais le paranormal est « le petit bout de la lorgnette » pour aborder l’importance de l’esprit critique dans nos sociétés.

Ainsi, le Comité exerce son devoir de vigilance envers les pratiques médicales ou paramédicales non conventionnelles, telles l’homéopathie, la phytothérapie, l’acupuncture ou les médecines manuelles (ostéopathie, etc.). En toutes ces matières, le Comité dénonce les exploitations mercantiles et autres abus, tels l’utilisation de la graphologie et de l’astrologie comme moyens de sélection lors d’un recrutement, ainsi que les manquements de certains médias à leur devoir d’information correcte.